醫學院成立于2004年12月，其前身是原赤峰衛生學校，成立于1958年8月，曾于1980年、1994年、2000年三次被國家教育部評定為國家級重點中等專業學校,是內蒙古自治區唯一一所國家級重點衛生學校。2003年并入赤峰學院，成為赤峰學院的重要組成部分。